Systém súťaže sa oproti minulej sezóne nezmenil. Po základnej časti, v ktorej odohral každý s každým jedenkrát doma a vonku, nasledovalo play-off a play-out. Do play-off postúpilo najlepších 6 družstiev, pričom prvé 2 celky boli nasadené priamo do semifinále. Zvyšné 4 družstvá odohrali štvrťfinále, ktoré sa hralo na 2 víťazné zápasy, semifinále a finále na 3 víťazné zápasy. Play-off o 3. miesto za oproti predchádzajúcim sezónam nehralo. 4 posledné celky po základnej časti odohrali play-out skupinu každý s každým jedenkrát doma a vonku o 7. až 10. miesto. Rozhodovalo sa v ňom o 2 družstvách, ktoré si zahrali baráž o zotrvanie v najvyššej lige. Do play-out sa výsledky zo základnej časti neprenášali, ale družstvám boli pridelené bonusové body za umiestnenie (7. miesto – 4 body, 8. m – 2 b, 9. m – 1 b, 10. m – 0 b).[1]
1. kolo sa malo odohrať formou jednej skupiny zloženej zo štyroch druholigových družstiev. Bardejov a neskôr na to aj Trnava sa zo súťaže odhlásili a 1. kolo sa preto zrušilo.[5]
↑ ab1. Slovenská liga vo futsale 2015/2016 – 1. kolo [online]. futsalslovakia.sk, 9.8.2015, [cit. 2016-05-21]. Dostupné online.[nefunkčný odkaz]
↑Prvý futsalový titul pre Pinerolu, v rozhodujúcom dueli zdolala Slov-Matic [online]. sport.sme.sk, 19.6.2016, [cit. 2016-06-22]. Dostupné online.
↑Across Pinerola Bratislava oslavuje svoj prvý slovenský futsalový titul [online]. futsalslovakia.sk, 18.6.2016, [cit. 2016-06-22]. Dostupné online.[nefunkčný odkaz]
↑Druhá časť baráže o postup do 1. Slovenskej ligy [online]. futsalslovakia.sk, 7.5.2016, [cit. 2016-05-21]. Dostupné online. Archivované 2016-05-14 z originálu.