Prolylizomeráza

	; Parvulín14 je jeden z enzýmov, ktoré vykazujú prolylizomerázovú aktivitu.
Identifikátory
Číslo EC	EC 5.2.1.8
Číslo CAS	chýba číslo CAS
Databázy
IntEnz	hľadať v IntEnz
BRENDA	hľadať v BRENDA
ExPASy	hľadať v ExPASy
KEGG	hľadať v KEGG
MetaCyc	hľadať v MetaCyc
PDB štruktúry	RSCB PDB PDBe PDBsum
	Chemický portál; Biologický portál

Prolylizomeráza (takisto peptidylprolylizomeráza alebo peptidyl-prolyl-cis-trans-izomeráza^[1]) je enzým (EC 5.2.1.8) prítomný v prokaryotoch i eukaryotoch, ktorý katalyzuje premenu peptidovej väzby aminokyseliny prolínu z cis na trans alebo obrátene.^[2] Prolín má nezvyčajne obmedzenú peptidovú väzbu kvôli svojmu bočnému reťazcu, ktorý obsahuje cyklickú štruktúru viazanú na sekundárny amín. U väčšiny aminokyselín má peptidová väzba silnú preferenciu trans usporiadania kvôli stérickej zábrane, ale nezvyčajná štruktúra prolínu stabilizuje cis formu, takže pri biologicky významných podmienkach sú zastúpené oba izoméry (cis i trans). Medzi bielkoviny s prolylizomerázovou aktivitou patrí cyklofilín, FKBP a parvulín, ale i väčšie proteíny môžu mať domény s prolylizomerázovou aktivitou.

Izomerizácia *trans*-prolínu na *cis*-prolín. Prolylizomerázy katalyzujú premenu medzi týmito dvoma konfiguráciami v oboch smeroch

Skladanie bielkovín

Prolín je unikátna prírodná aminokyselina, ktorá má relatívne malý energetický rozdiel medzi cis konfiguráciou peptidovej väzby a častejšie sa vyskytujúcou trans konfiguráciou. Aktivačná energia potrebná na katalýzu tejto izomerizácie je relatívne vysoká, asi ~ 20 kcal/mol (cf. ~ 0 kcal/mol pre bežné peptidové väzby). Na rozdiel od ostatných peptidových väzieb však X-prolyl peptidová väzba (teda peptidová väzba pred prolínom) nenadobúda vhodnú konformáciu spontánne, takže tento proces cis-trans izomerizácie môže byť rýchlosť určujúcim krokok pri skladaní bielkovín. Prolylizomerázy teda fungujú ako šaperóny pri skladaní bielkovín (napomáhajú ostatným bielkovinám s ich správnym skladaním). Cis-peptidová väzba na N-konci prolínu sa často nachádza v prvej aminokyseline niektorých tesných ohybov v kostre bielkoviny. Medzi proteíny, ktoré majú cis-prolín v natívnom stave, patrí ribonukleáza A, ribonukleáza T1, beta laktamáza, cyklofilín a niektoré interleukíny.

Prolylizomerázy sa môžu skladať autokatalyticky, takže rýchlosť skladania záleží na koncentrácii reaktantu. Predpokladá sa, že parvulín a ľudský cytozolový FKBP autokatalyzujú svoje skladanie.

Evidencia izomerizácie prolínu

Existuje niekoľko metód identifikácie prítomnosti izomerizácie prolínu ako rýchlosť určujúceho kroku v skladaní bielkovín, medzi ktoré patria:

Aktivačná energia konzistentná s izomerizáciou prolínu, ktorá je zvyčajne okolo 20 kcal/mol
Kinetika skladania, ktorá naznačuje populácie, ktoré sa skladajú rýchlo a ktoré sa skladajú pomaly, v nezloženom alebo denaturovanom stave
Štúdie, pri ktorých sa bielkoviny obsahujúce prolín rozložia a zase naspäť zložia, pričom sa študuje populácia prolínových konformácií v nenatívnom stave ako závislosť rozsahu skladanie bielkoviny
Zvýšenie rýchlosti skladania in vitro po pridaní prolylizomerázy
Zvýšenie rýchlosti skladania in vitro u mutantných bielkovín, kde je jeden alebo viac prolínov nahradených za inú aminokyselinu

Je však nutné poznamenať, že nie každá prolínová peptidová väzba je kritická pre štruktúru či funkciu bielkoviny a nie každá taká väzba výrazne ovplyvňuje kinetiku skladania bielkoviny, hlavne u trans väzieb. Okrem toho majú niektoré prolylizomerázy istý stupeň sekvenčnej špecificity a teda nemusia katalyzovať izomerizáciu prolínu v niektorých sekvenciách.

Meranie prolylizomerázovej aktivity

Prolylizomerázová aktivita bola prvýkrát objavená pomocou merania s chymotrypsínom. Proteolytický enzým chymotrypsín má veľkú substrátovú špecificitu na štvorreziduový peptid Ala-Ala-Pro-Phe (AAPF) len keď prolínová peptidová väzba je v trans konfigurácii. Prídavok chymotrypsínu k roztoku peptidu s touto sekvenciou vedie k rýchlemu štiepeniu asi 90 % peptidov, ale u peptidov s cis konfiguráciou - ktorých je asi 10 % vo vodnom roztoku - sú štiepené rýchlosťou odpovedajúcou nekatalyovanej izomerizácie prolínovej peptidovej väzby. Prídavok potenciálnej prolylizomerázy zrýchli tento druhý proces len ak skutočne vykazuje prolylizomerázovú aktivitu.

Referencie

↑ ŠKÁRKA, Bohumil; FERENČÍK, Miroslav. Biochémia. 3. vyd. [s.l.] : [s.n.], 1992. ISBN 80-05-01076-1. S. 331.
↑ The mechanism of protein folding. Implications of in vitro refolding models for de novo protein folding and translocation in the cell. Biochemistry, 1990, s. 2205–2212. DOI: 10.1021/bi00461a001. PMID 2186809.

Literatúra

Mechanisms of protein folding. Ed. Pain RH. 2nd. vyd. Oxford [Oxfordshire] : Oxford University Press, 2000. ISBN 0-19-963788-1. Proline isomerizarion and its catalysis in protein folding.
[Determination of enzymatic catalysis for the cis-trans-isomerization of peptide binding in proline-containing peptides]. Biomed. Biochim. Acta, 1984, s. 1101–11. PMID 6395866. (po nemecky)

Zdroj

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Prolyl isomerase na anglickej Wikipédii.

[:0-1] ŠKÁRKA, Bohumil; FERENČÍK, Miroslav. Biochémia. 3. vyd. [s.l.] : [s.n.], 1992. ISBN 80-05-01076-1. S. 331.

[PUB00000320-2] The mechanism of protein folding. Implications of in vitro refolding models for de novo protein folding and translocation in the cell. Biochemistry, 1990, s. 2205–2212. DOI: 10.1021/bi00461a001. PMID 2186809.

[1]

[2]