Reakčná koordináta
Reakčná koordináta[1] je abstraktná jednodimenzionálna koordináta, ktorá reprezentuje priebeh reakcie po reakčnej dráhe. Bežne je to geometrický parameter, ktorý sa mení počas premeny jednej alebo viacerých molekulárnych entít.[2] V simuláciách molekulárnej dynamiky je reakčná koordináta nazývaná kolektívnou premennou.[1]
Reakčná koordináta môže reprezentovať reálny systémy koordinát (napríklad dĺžky väzieb, väzbové uhly a iné).[2] Napríklad pre homolytickú disociáciu molekuly vodíka by bolo vhodné použitie reakčnej koordináty pozdĺž koordináty odpovedajúcej väzbovej dĺžke H–H. Takisto možno ako reakčné koordináty použiť negeometrické parametre, napríklad väzbový poriadok,[2] ale priama reprezentácia reakčnej dráhy pozdĺž takýchto koordinát môže byť náročná, hlavne pre zložitejšie reakcie.
Reakčná koordináta popisuje iný koncept, než je rozsah reakcie, čo je takisto opis priebehu reakcie, ktorý sa používa na opis zmeny zloženia reakčného systému (ako ďaleko je chemická reakcia od dokončenia).
Pri znázornení priebehu reakcie sa zvyčajne zobrazuje voľná energia v závislosti na reakčnej koordináte, čo ukazuje schematickú podobu energetického profilu (prierez hyperplochou potenciálnej energie), ktorý odpovedá danej chemickej reakcii.
Tranzitný stav
[upraviť | upraviť zdroj]V teórii tranzitného stavu je reakčná koordináta taká koordináta v množine kurvilineárnych koordinát získaných z kartézskych koordinát pre reaktanty, ktorá pre každý krok reakčného mechanizmu vedie hladko od konfigurácie reaktantu cez konfiguráciu tranzitného stavu ku konfigurácii produktu. Reakčná koordináta sa zvyčajne volí tak, aby gradient potenciálnej energie mal čo najmenší vzostup a najväčší zostup.[2] Tranzitný stav u takejto reakčnej koordináte odpovedá lokálnemu maximu potenciálnej energie,[3] ktorý odpovedá sedlovému bodu v hyperploche potenciálnej energie.[4]
Referencie
[upraviť | upraviť zdroj]- ↑ a b ILLÍK, Viktor. Nástroje pro analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací [online]. 2016, [cit. 2022-08-16]. Dostupné online.
- ↑ a b c d IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version: (2006–) "reaction coordinate". DOI:10.1351/goldbook.R05168
- ↑ SOLOMONS, T. W. Graham. Organic chemistry.. Hoboken, NJ : J. Wiley & Sons, 2004. (8th ed..) Dostupné online. ISBN 0-471-41799-8.
- ↑ Transition States in Chemical Reactions [online]. people.chem.ucsb.edu, [cit. 2022-08-16]. Dostupné online.
Zdroj
[upraviť | upraviť zdroj]
Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Reaction coordinate na anglickej Wikipédii.
|
Tento článok týkajúci sa chémie je zatiaľ „výhonok“. Pomôž Wikipédii tým, že ho doplníš a rozšíriš. |