Vodnopólová extraliga mužov v sezóne 2005/06 bol v poradí 14. ročník extraligy vodnopólistov, najvyššej vodnopólovej súťaže mužov na Slovensku, ktorú organizoval Slovenský zväz vodného póla (SZVP). V súťaži účinkovalo 8 družstiev, rovnako ako v minulej sezóne. Pôvodne ich však malo byť 9, spolu s tímom Sláviou ATU Košice, ktorý sa odhlásil zo súťaže až po jej vyžrebovaní a tá sa posunula o týždeň neskôr.[1] Družstvo KVP NCHZ Nováky získalo dvanásty titul.[2]
Systém súťaže sa oproti minulým sezónam čiastočne zmenil. Súťaž sa skladala z troch častí. V základnej časti odohrali družstvá zápasy systémom každý s každým jedenkrát doma a vonku. Do nadstavbovej časti postúpili iba 4 najlepšie družstvá. Nadstavbová časť sa odohrala formou 4 turnajov, každé družstvo hostilo 1 turnaj, pričom sa započítavali aj body zo základnej časti. Umiestnenie v nadstavbovej časti určilo majstra i ostatných medailistov. Zvyšné 4 družstvá po základnej časti odohrali duely o konečné umiestnenie na 4 hrané stretnutia. Posledné 2 družstvá v budúcej sezóne zostúpili do znovuvytvorenej nižšej ligy.[3]
Už po vyžrebovaní sa zo súťaže odhlásil klub Slávia ATU Košice, ktorého družstvo skončilo v minulej sezóny na 8. mieste. Klub tak učinil kvôli absencii plavárne a tiež z finančných dôvodov.[4][5]
Do európskeho pohára sa prihlásil klub ČH Hornets Košice, družstvo však tvorili hráči širšieho reprezentačného tímu zložení z viacerých slovenských klubov.[6]