Vodnopólová extraliga mužov v sezóne 2008/09 bol v poradí 17. ročník extraligy vodnopólistov, najvyššej vodnopólovej súťaže mužov na Slovensku, ktorú organizoval Slovenský zväz vodného póla (SZVP). V súťaži účinkovalo 6 družstiev, rovnako ako predchádzajúcich dvoch sezónach. Titul obhájil klub ČH Hornets Košice, ktorý nestratil v celej sezóne ani bod.[1][2] V tejto sezóne niesla súťaž mediálny názov EMM extraliga.
Systém súťaže sa oproti minulým sezónam nezmenil, pribudol iba vyšší počet zápasov v základnej časti. Súťaž opäť pozostávala zo základnej a nadstavbovej časti. Základná časť sa skladala z 20 kôl a družstvá v nej odohrali zápasy systémom každý s každým dvakrát doma a vonku. Zo základnej časti postúpili 4 najlepšie družstvá do nadstavbovej časti. Nadstavbová časť sa skladala zo 4 turnajov, každé družstvo hostilo 1 turnaj, pričom sa do nej započítavali aj výsledky zo základnej časti. Umiestnenie v nadstavbovej časti určilo majstra i ostatných medailistov. Z extraligy nezostúpilo žiadne družstvo. Posledné družstvo extraligy malo pôvodne hrať baráž, ale družstvá 1. ligy sa vzdali účasti v nej.[3]