Systém súťaže sa oproti minulej sezóne pozmenil. Najprv sa hrala základná časť, ktorá pozostávala zo 14 kôl, a v ktorej sa každý s každým stretol raz doma a raz vonku. Po základnej časti nasledovala nadstavbová časť, v ktorej sa družstvá rozdelili do dvoch skupín, do skupiny o 1. až 6. miesto a posledné 2 celky základnej časti do prelínacej súťaže. Nadstavbová časť o prvú šesticu pozostávala z 10 kôl, v ktorej sa každý s každým doma a vonku stretol raz. Umiestnenie v tejto časti rozhodlo o najlepšej štvorici družstiev, ktoré vytvorili semifinálové dvojice play-off. Po nich nasledovali zápasy o 3. miesto a finále, ktoré určilo majstra. Družstvá na 5. až 6. mieste odohrali zápasy play-off o 5. miesto. Prelínacia súťaž, ktorú tvorili posledné 2 družstvá základnej časti a 4 najlepšie družstvá 1. ligy, pozostávala z 10 kôl (nakoľko družstvo Košíc súťaž nedokončilo, tak len z 8 kôl). Družstvá sa v nej stretli každý s každým doma a vonku raz a výsledným umiestnením určili dvoch zástupcov, ktorí mohli štartovať v extralige aj v nasledujúcej sezóne.
↑Šaľa triumfovala aj v extralige a získala double [online]. mesto.sk, 4.6.2000, [cit. 2015-02-21]. Dostupné online. Archivované 2007-11-06 z originálu.
↑Košická ženská hádzaná sa nachádza v stave klinickej smrti [online]. korzar.sme.sk, 29.2.2000, [cit. 2015-02-21]. Dostupné online.
↑Košičanky do Bratislavy možno neprídu [online]. mesto.sk, 3.3.2000, [cit. 2015-02-21]. Dostupné online. Archivované 2008-02-05 z originálu.