Extraliga hádzanárov v sezóne 2005/06 bol v poradí 13. ročník extraligy hádzanárov, spravovanej Slovenským zväzom hádzanej. Po ukončení 5-sezónnej česko-slovenskej interligy sa začala opäť organizovať slovenská extraliga, v ktorej účinkovalo 8 družstiev.[1] Jej víťazom sa stal tím MŠK SIRS Považská Bystrica, ktorý sa tretíkrát v histórii stal majstrom Slovenska.[2]
Systém súťaže sa oproti minulej sezóne zmenil. Najprv sa hrala základná časť, ktorá pozostávala zo 14 kôl. Každý s každým sa stretol raz doma a raz vonku. Po základnej časti nasledovala nadstavbová časť, do ktorej postúpilo 6 najlepších družstiev po základnej časti. Zvyšné 2 družstvá hrali prelínaciu súťaž. Nadstavbová časť pozostávala z 10 kôl, v ktorej sa každý s každým doma a vonku stretol raz. Umiestnenie v tejto časti rozhodlo o štvrťfinálových dvojiciach play-off, pričom najlepšie 2 celky postúpili priamo do semifinále. Po nich nasledovali zápasy o 5, o 3. miesto a finále, ktoré určilo majstra. Štvrfinále a play-off o 5. miesto sa hrali na 2 víťazné zápasy, všetky ostatné duely play-off na 3 víťazné zápasy. V skupine prelínacej súťaže o účasť v extralige sa k dvom 2 posledným celkom po základnej časti pripojili 2 najlepšie družstvá po základnej časti 1. ligy. Prvé dve družstvá z tejto skupiny postúpili do extraligy v nasledujúcej sezóne, zvyšené 2 družstvá hrali v 1. lige.