Systém súťaže sa oproti minulej sezóne zmenil. Najprv sa hrala základná časť, ktorá pozostávala zo 14 kôl. Každý s každým sa stretol raz doma a raz vonku. Po základnej časti sa družstvá rozdelili do dvoch skupín, na skupinu A a B. Výsledky zo základnej časti si neprenášali, ale obdržali tzv. bonifikačné body za umiestnenie v základnej časti (3, 2, 1, 0). V tejto (skupinovej) časti odohrali 6 kôl systémom doma a vonku. Nasledovala nadstavbová časť, do ktorej postúpili prvé 3 družstvá z oboch skupín, a odohrali spolu 10 kôl dvojkolovým systémom doma a vonku, pričom si preniesli aj výsledky z predchádzajúcej časti. Umiestnenie v tejto časti rozhodlo o semifinálových dvojiciach play-off. Družstvá na 5. a 6. mieste odohrali play-off o 5. miesto hrané na dve hrané zápasy (na odvetu), všetky ostatné duely play-off sa hrali na 3 víťazné zápasy. Posledné družstvá (na 4. mieste) zo skupín A a B odohrali 6-kolovú prelínaciu súťaž o účasť v extralige s 2 najlepšími družstvami 1. ligy. Prvé dve družstvá z tejto skupiny získali účasť v extralige v nasledujúcej sezóne.[1]
Sezóna 2006/07
